自分は１の可能性が高いと思います。

２に関してはコストが高くなり、小型中型に処理をするには難しいとゴルヘックスファンブックにありますし。

というよりもゴルヘックスがジャミングウェーブを無効化しないことにはクック要塞すらも落とすことはできなかったと思うのですよ。ジャミングウェーブの前にはギガ以外のゾイドは如何なる戦力もいかなる大部隊も無効化されてしまいますしね。ギガだけじゃ戦争には勝てないし・・・。
ギガにダクスパを叩いてもらうまで後方待機って言う方法もありますが、効率悪そうですしね。
っというかアロファンブックには普通に無効化してるとあったりします。