自分もタイフーンさんの意見に賛成です。
かつての暗黒軍のゾイドがあのような圧倒的な戦闘力を持っていたのは、ディオハルコンを搭載していたからというのが大きいと思います。ディオハルコンはコアで生成されるパワーを増幅するとか何とか・・・・。それを採取できなくなってしまって、ゾイドに搭載できなくなってしまったのならゾイドの戦闘力が低下してしまうのはしかたがないでしょう。
オマケにゾイドの保護化によって、コア自体の生命力が弱体化してしまっているのも一つの原因かと思います。かつては、豊富な野生ゾイドを素に軍用機に改造したものがほとんどみたいだったので、今で言うライガーゼロやケーニッヒがあたりまえだったのでしょう。
OS開発機であるジェノザウラーの開発は、戦闘力の面で昔のテクノロジーに近づいた革命的なものだったのかもしれないですね。制御できるかどうかは別として、実際の戦闘能力は軒並み上がっているわけですし。

最後にエナジーの「タキオン粒子による例の設定」だけは旧ゾイドを超えてしまっているところがありますので、やめてほしいです。ミリタリーやロマンが全く感じられません・・・。